2012 öncesi "İşitme Engelliler Okulu" adıyla işitme engelli öğrencilerin eğitim gördüğü okul 02.08.2012 Tarihli Özel Eğitimde Zorunlu Eğitim Uygulamaları kapsamında,Milli Eğitim Bakanlığı Özel Eğitim ve Rehberlik Hizmetleri Genel Müdürlüğünün uygun mütalaasıyla   Orta ve Ağır düzeyde  özel gereksinimli bireylerin (otizmli, zihinsel engelli, bedensel engelli (çoklu engelli) eğitim gördüğü okul statüsü almıştır. 4+4+4 eğitim uygulamaları için Fiziki altyapası müsait olmayan okul, imkanları ölçüsünde eğitim öğretim  hizmeti vermeye devam etmiştir.

        Yıkılıp  Ataşehir İlçesi Yenişehir (Yukarı Dudullu) Mahallesi 3803 ada 3 parsel nolu arsa üzerinde inşa edilen Okul, Yeni binasında MEB Özel Eğitim ve Rehberlik  Hizmetleri Genel Müdürlüğünün 28/03/2017 Tarih ve 54547810-10501-E.4113492 sayılı onayı ile  eğitim öğretime açılmış ve Ataşehir Yunus Emre  Özel Eğitim İş Uygulama Merkezi adını almıştır.  Okul adı 2018-2019 Eğitim Öğretim döneminde “Ataşehir Yunus Emre Özel Eğitim Uygulama Okulu(I.-II.-III. Kademe)"şeklinde tekrar değiştirilmiştir.  2023/2024  Eğitim Öğretim Yılında 4 idareci,1 hemşire, 2 çalışan, 57 kadrolu, 27 ücretli öğretmen; toplam 91 çalışanı vardır. İstanbul Valiliği tarafından yaptırılan okul binası Genel ve mesleki ortaöğretim eğitim programlarından yararlanamayacak durumda ve 27 yaşından gün almamış orta ve ağır düzeyde zihinsel yetersizliği veya otizm olan özel eğitime ihtiyaç duyan bireylerin temel yaşam becerilerini geliştirmek, topluma uyum beceriler kazanmalarını sağlamak amacıyla açılmıştır.

       Okulda, 36 sınıf, revir, rehberlik odası, iki tarım atölyesi, üç el sanatları atölyesi, iki resim atölyesi, iki müzik atölyesi, iki duyu ve hareket uygulama alanı, 400m² kapalı spor salonu, basketbol sahası, konferans salonu, yemekhane, minik oyun parkı ve tarım uygulama alanı bulunmaktadır.